影片的一开始是一条粉色的小金鱼趁着父亲模样的人专注于研究便偷偷伏上了海面。迎面而来的是一艘轮船。轮船底下有大量的人类生活垃圾，其中一个玻璃瓶正好套在了小金鱼的头上。

此时的岸边一个叫宗介的5岁男孩正在海岸边玩耍偶尔捡到了垂死的小金鱼之后用石头砸碎了玻璃瓶将其救了出来。而在这过程中宗介的手被碎玻璃划破了而且还正巧被“复活”的小金鱼舔到了伤口。

见到小金鱼“复活”后宗介开心的把她放在了水桶里并将其带去了幼儿园。而在去幼儿园的路上宗介给小金鱼喂了火腿并给她取了名字：波妞。

到了幼儿园之后宗介将波妞藏在了草丛中，并且还盖上了树叶。然后发生了有趣的一幕：宗介告诉波妞自己马上回来，随后与幼儿园老师打了招呼之后迅速跑了回来。但是此时的波妞居然翻起了白肚皮。当宗介将她翻身之后才发现原来波妞只是睡着了。而两人的表情也被宫崎骏刻画的很生动：

动图1

从以上由哀到喜的表情中也可以看出宗介对波妞的感情已经悄然发生了变化。而且这样的感情其实已经产生了羁绊。

随后的还发生了这样一幕：宗介把波妞带进了母亲上班的养老院（幼儿园隔壁），其中的一个老太太指责波妞是人面鱼却被波妞喷了一脸水。宗介只得将波妞带离了养老院。两人在海边居然互相“告白”了：

但是此时波妞的父亲找到了波妞，并用海浪将其带了回去。此后的宗介心情非常失落只能把装着波妞的水桶挂在了竹篮上希望借此告诉波妞自己等着她。而被带入海底的波妞已经变得不要吃海底的食物。这让她的父亲非常惊讶。当父亲劝告她不要和人类交往时，波妞居然还长出了手脚。这让她父亲明白了：原来波妞舔过了人类的血。

因此波妞的父亲把她关在了水泡里，但波妞经过不懈的努力不仅打破了水泡还意外的成长了。随后的波妞便以海浪来媒介来到了海面上。而随之而来的也包括了海啸。

而且海啸已经危及到了沿岸的居民。人们只得赶忙回家躲避。而在回家路上的宗介则看到了竹篮上的水桶被长大后的波妞拿到：此刻的他明白了眼前的小女孩正是长大后的波妞。

尽管两人终于见面了。但是海啸并没有停止。宗介母亲只得将两人带回家。然后煮了两碗火腿拉面。波妞吃着吃着居然睡着了。

此时在海的另一面宗介的父亲因为刚才的海啸使得船失去了动力。只得在海上随波飘荡。具有同样命运的还包括了远处的船只。也就在此时波妞的母亲出现了。她用大海的魔法让所有失去动力的船恢复了动力。

见到此等情形，波妞的父亲异常担心。因为他怕女儿变成真正的人类小女孩。而波妞的母亲却并不担心这一切。甚至还想让波妞变成真正的人类。

到了第二天早上，海啸已经停止。但漫天的海水已经将宗介等人居住的小镇淹没。这其中也包括了宗介居住的小屋。因为一整晚没有见到母亲而担心的宗介正在发愁该如何寻找母亲时波妞使用魔法将玩具船变大。于是两人干脆坐着这样的船就出发踏上了寻找宗介母亲的旅程。

只不过路程还没结束，船的动力就没了。波妞刚想恢复船的动力的时候又不小心睡着了。宗介只得一个人推着船行进。

等到好不容易到达岸边之后，波妞也醒了。同时宗介也看到了母亲的车子，只不过母亲人不再车内。宗介担心的留下了眼泪，等到波妞过来之后，宗介便擦去了眼泪。由此可见宗介还是不想让波妞看到自己在哭泣。

等到两人行进到一处隧道的时候，波妞变回了金鱼。此时波妞的父亲出现了，并且还将宗介送到了已经被海水淹没的养老院。宗介终于见到了自己的母亲，同时也见到了波妞的母亲。

而波妞母亲见到宗介以后也表示了对他的认可。当然最重要的是波妞就算失去一切也并不后悔今后和宗介在一起的决心感动她的父母。

《悬崖上的金鱼姬》是宫崎骏自1993年之后，又一部以幼龄儿童为主角的电影。由于宫崎骏的“号召力”，该影片在2008年7月上映时，出现了全日本481家影院集体放映的情况。可谓是“万人空港”。

而从影片背景色调来看，比起《天空之城》、《幽灵公主》、《龙猫》中不断出现的森林绿色。宫崎骏此次采用了海洋的蓝色来代替。因此影片的开场观众首先看到的是海洋中的奇幻色彩。

这种视觉上的冲击也预示着宫崎骏首次以海洋为舞台开始了一个故事的叙述。

影片中5岁宗介的家庭背景是与妈妈理莎住在一个靠海小村庄的山崖上。身为船长的爸爸长年出海，留下宗介与妈妈相依为命。5岁的宗介从小就异常懂事听话，知道自己必须担负起家中的责任，要代替爸爸照顾妈妈。

而女主角波妞则有着童话的背景。其原型就是安徒生童话中的《海的女儿》。可以说是在宫崎骏所有作品中年纪最小的。因此宫崎骏在创造这个角色的形象时即赋予了波妞会魔法的人鱼属性同时也赋予了她天真、可爱却又勇于表白的性格。

这种超越时代局限的创作也只有宫崎骏那种天马行空的想象力能够驾驭。

而且在宫崎骏的作品中，《悬崖上的金鱼姬》的情节可以说是最简单的，整部影片里没有战争、没有打斗、没有帅气的男主角和充满魅力的女主角。甚至不像以往作品那样充满着对神灵的敬畏。而是简单到让5岁孩子都能一看就懂。尤其是剧中的感情戏。

影片中对于5岁儿童的心里描写非常的细腻。因为宗介对波妞的情，从5岁儿童的角度来说与其说是爱情倒不如说是友情。然而这样的友情仍然是充满着爱。因此也就出现了单纯的只是想要在一起的羁绊。